Il Dipartimento del territorio è impegnato nella gestione delle Isole di Brissago e intende perseguire i principi della sostenibilità.
Diversi sono i progetti in atto che riguardano le tre aree della sostenibilità e molti ne arriveranno in futuro.
Al Giardino botanico presente sull'Isola Grande si svolgono diverse attività didattiche incentrate sulla biodiversità e il rispetto dell'ambiente.
A sostegno della fauna locale, sono presenti un “albergo” per api selvatiche e uno stagno delle tartarughe per la riproduzione della specie indigena Emys Orbicularis, la quale è in pericolo di estinzione.
Nel febbraio 2021 l'Isola Piccola è stata bonificata dalle specie alloctone invasive che minacciano la vegetazione indigena.
La cura delle Isole esclude l'utilizzo di diserbanti e gli attrezzi da lavoro sono stati sostituiti con dei macchinari elettrici.
Le Isole di Brissago collaborano con l'Associazione Isola dei conigli, attiva sull'Isola Piccola da alcuni anni.
In questo ambito, agli allievi dell'Istituto delle Scuole Speciali Cantonali del Sopraceneri viene offerta la possibilità di svolgere delle attività concrete sul territorio di manutenzione degli spazi naturali. Hanno infatti collaborato insieme ai selvicoltori del Demanio forestale del DT nell'operazione di bonifica del febbraio 2021 e garantiscono la corretta gestione delle specie invasive al loro stadio giovanile.
Le attività presenti sulle Isole come pure gli articoli in vendita all'interno del chiosco dovranno rispondere a criteri di ecocompatibilità ed ecosostenibilità, con una predilezione per prodotti a chilometro zero e per aziende che rispettano i propri dipendenti (ad esempio in termini salariali e di parità di genere).