Le Isole di Brissago si trovano a 46°08’ di latitudine N e a 08°44’ di longitudine E.
L'Isola Grande ha un'estensione di 25’568 m2, l'Isola Piccola di 8’186 m2.
Dal livello medio del lago, che è di 193.50 m s/m, l'Isola Grande si innalza di 6.50 m, l'Isola Piccola di 6.90 m.
Le Isole di Brissago sono collocate nella parte più settentrionale delle Alpi insubriche nella Zona kinzigitica, così denominata dagli gneis kinzigitici che costituiscono il substrato roccioso e affiorano in numerosi punti, in particolare lungo la riva dell'Isola Piccola.
Per il resto la roccia è ricoperta da una sottile coltre morenica. Le Isole di Brissago sono le due cime di una collina scolpita dall'erosione lungo l'antica linea spartiacque delle valli del Ticino e della Maggia.
Immerse nelle acque del Lago Maggiore, che accumulano calore durante l'estate e lo restituiscono in inverno, protette dalla catena alpina e ricche di sole, le Isole di Brissago godono di un clima particolarmente mite, con pochi giorni di gelo all'anno.
È un clima a tutti gli effetti subtropicale.