Les Îles de Brissago se trouvent à 46°08' de latitude N et à 08°44' de longitude E.
L’Île principale s’étend sur une surface de 25'568 m2 et une altitude de 6.50 m supérieure à celle du niveau moyen du lac, qui se situe à 193.50 m au-dessus du niveau de la mer.
L’Isola Piccola compte 8'186 m2 et émerge de 6.90 m.
Les Îles de Brissago se trouvent dans la partie la plus septentrionale des Alpes insubriques, dans la Zone kizingitique caractérisée par les gneiss qui en constituent le substrat rocheux et affleurent en de nombreux endroits, en particulier le long de la rive de l’Île mineure.
Pour le reste, la roche est recouverte d'une fine couverture morainique. Les îles de Brissago sont les deux sommets d'une colline sculptée par l'érosion le long de l'antique ligne de partage des eaux des vallées du Tessin (le fleuve) et de la Maggia.
Entourée des eaux du Lago Maggiore, qui accumulent la chaleur durant l'été et la restituent en hiver, protégées par la chaîne alpine et baignées de soleil, les Îles de Brissago jouissent d'un climat particulièrement doux, avec de rares gelées.
Il s'agit d'un climat subtropical à tous les égards.