Die Brissago-Inseln befinden sich auf 46°08’ nördlicher Breite und 08°44’ östlicher Länge.
Die lsola Grande hat eine Ausdehnung von 25'568 m2, die Isola Piccola von 8'186 m2.
Vom mittleren Wasserstand des Sees, auf 193.50 m.ü.M. erhebt sich die Isola Grande um 6.50 Meter, die Isola Piccola um 6.90 Meter.
Die Brissago-Inseln befinden sich am nördlichsten Punkt der insubrischen Alpen, in der sogenannten kinzigitischen Zone, benannt nach dem kinzigitischen Gneis, welcher den felsigen Untergrund der Inseln bildet und an verschiedenen Stellen an die Oberfläche tritt.
Dies ist insbesondere am Ufer der Isola Piccola der Fall, andernorts ist der Gneis von einer dünnen Moräneschicht bedeckt. Die Brissago-Inseln bilden zwei Hügelspitzen, welche durch Erosionsprozesse, entlang einer alten Wasserscheide zwischen dem Maggia- und dem Ticinotal, entstanden sind.
Inmitten des Lago-Maggiore gelegen, welcher die Wärme im Sommer speichert und diese im Winter wieder abgibt, geschützt durch die Alpenkette und sonnengesegnet, mit jährlich nur sehr wenigen Frosttagen, zeichnen sich die Brissago-Inseln durch ein besonders mildes Klima mit subtropischen Eigenschaften aus.